Гнездовая биология и пространственно-этологическая структура популяции восточносибирского черноголового чекана изучена в 2013 году в Хинганском заповеднике. Это территориальный моногамный вид, населяющий различные типы открытых местообитаний и устраивающий свои гнезда на земле. Восточносибирский черноголовый чекан относится к комплексу черноголовых чеканов, который включает 3 или 4 очень близких сестринских вида.