В малых озёрах Карелии в период стагнации изучали общую численность бактерий, количество сапрофитных, олиготрофных, сульфатредуцирующих микроорганизмов, формы бактериальных клеток, первичную и бактериальную продукцию, деструкцию органического вещества, скорость сульфатредукции. Показано, что неравномерное распределение по вертикали света, температуры, кислорода, сероводорода создавало экологические ниши для развития различных групп микроорганизмов.